Этимологически не до конца ясное слово. Согласно одной версии, сопоставимо с лат. pater ‘отец’; замена более напряженного звука p на менее напряженный звук b, то есть переход p > b, объясняется большей экспрессией звонкого согласного. Первичной огласовкой корня признается сербохорватское bata, которое входит в круг детских наименований старших родственников (мама, баба, бата); русск. батя, болг. batja — позднейшие экспрессивные модификации; значение ‘старший брат’ возникло вследствие вторичного сближения со словом брат, так как из-за смерти отца старший брат замещал младшим отца. (См. ЭССЯ 1, 163-164).
Согласно другой версии, батя — это гипокористическое (уменьшительно-ласкательное) сокращение исходного брат, сравнимое с лит. batis ‘папочка’, лтш. balis ‘братец’ (Аникин 2, 280). Вторая версия представляется малоубедительной по следующим причинам: во-первых, трудно представить, чтобы народ перенес наименование старшего брата на священников (батюшка); во-вторых, нет примеров того, чтобы исчез звук [р], находившийся в сильной позиции и необходимый для выполнения закона восходящей звучности, и напротив, есть примеры того, что он искусственно вставлялся для возрастания звучности: страм, проздравить и др.